Martim Afonso de Souza saiu curioso para o convés e deu de cara com o verde exuberante e úmido da Ilha do Bom Abrigo, que emergia da neblina no dia 12 de agosto de 1531. Dias mais tarde, 17 de agosto, encontraram castelhanos que já habitavem a terra por uns 30 anos, um deles o Bacharel de Cananéia (cujo nome acredita-se tratar-se de Cosme Fernandes) e mais de 200 mestiços, resultado do início da miscigenação.
O início do mdesenvolvimento econômico da região ocorreu na 1ª Vila da cidade, a de São João Batista de onde partiu a primeira expedição de Bandeirantes em busca de ouro e de pedras preciosas, largamente encontradas no Vale do Ribeira. Chegou a ter o Porto mais importante de São Paulo com muitos estaleiros para escoar produtos agrícolas e minerais e uma indústria naval bem conceituada. Cananéia foi considerada tombada pelo Patrimônio Histórico Estadual em 1969.

A cidade, hoje Estância Turística, ocupa a parte oriental da Ilha, cercada por dois canais do oceano, onde forma uma baia que chama atenção pela sua beleza e exuberãncia, não é só uma baía, é a Baía de Cananéia.

Em Cananéia encontramos um dos mais maravilhosos e fascinantes complexos ecológicos incluindo a Ilha do Cardoso, onde 90% de seu território é coberto pela Mata Atlântica. Na Ilha do Cardoso, uma praia deserta que encanta pela sua água límpida, o som das ondas e seu ecossistema. Ao se chagar a praia do Marujá o complicado entendimento entre o homem e a natureza não existe. Só vendo... vivendo..

Os Passeios de Barco são pela baía de Cananéia, apreciando golfinhos e conhecendo a Ilha do Cardoso, suas cachoeiras, Praia do Pereirinha, Praia do marujá e Ilha da Casca. Os barcos possuem W.C. e serviço de bordo. Saem todos os finais de semana e feriados a partir das 9:00 hs. Na alta temporada (26.12 até o carnaval) saídas diárias de hora em hora, a partir das 8:00 hs. Fazem também outros roteiros. Ingressos a venda em Hotéis, Pousadas, Restaurantes e em seus barcos, no Pier Municipal da Cananéia. Telefones para Contato: Barco Lagamar: (13) 6851.1613 e (13) 9777.4896. Barco Saveiro Badauê: (13) 6851.1105 e (13) 9715.3858 e Barco Iracema (13) 6851.1406..

Bom Abrigo fica situada na Barra de Cananéia, a uns 5 km da ponta sul da Ilha Comprida, com 3 milhas de extensão e seu ponto culminante a 142 m de altura. Com um costão de pedras voltado para o sul, de onde normalmente vem o mal tempo, tem do lado oposto uma linda enseada protegida onde uma praia de areia branca permite o fácil desembarque. Em um dos cantos dessa prainha, há uma biquinha de onde jorra dia e noite água cirstalina e gelada. Não é a toa que lhe deram o nome de Bom Abrigo. Existiu nessa ilha por volta de 1765 uma armação de baleias cujas ruínas lá estão até hoje, inclusive um tacho enorme de cobre, submerso mas com as bordas a flro d´água, dentro do qual é possível ver peixinhos nadando despreocupados. No ponto mais alto da Ilha do Bom Abrigo está o farol. Subindo-se até lá, onde uma brisa refrescante sopra, vê-se uma paisagem imensa, maravilhosa e ouve-se ao longe a surda arrebentação do mar no costão. Um paraíso de ilha para o turista acampar, passear, pescar e ficar de bem com a natureza.